Złożoność nowotworów, podobieństwa wyszczególnione w szczegółowej analizie genomowej

A massive undertaking involving more than 1,300 scientists from 37 countries reported in 23 papers shows the results of analyzing 47 million genetic changes in 2,600 genomes of 38 different tumor types. Ogromne przedsięwzięcie z udziałem ponad 1300 naukowców z 37 krajów zgłoszone w 23 artykułach pokazuje wyniki analizy 47 milionów zmian genetycznych w 2600 genomach 38 różnych typów nowotworów. The Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) presented what the researchers called “the most comprehensive study of whole cancer genomes to date.” Analiza Pan-Cancer całych genomów (PCAWG) przedstawiła to, co naukowcy nazwali „najbardziej wszechstronnym jak dotąd badaniem genomów całego raka”.
Korzystając z najnowszych technologii sekwencjonowania i informatyki obliczeniowej, naukowcy, podzieleni na 16 grup roboczych, otworzyli drzwi do genetycznych złożoności i podobieństw w raku oraz zaoferowali spostrzeżenia, które mogą zachęcić do dalszych odkryć i ostatecznego leczenia.
PCAWG analyzed whole genomes rather than the more common approach of sequencing only protein-coding regions. PCAWG przeanalizował całe genomy zamiast bardziej powszechnego podejścia do sekwencjonowania tylko regionów kodujących białka. They produced 1,188 tumor transcriptomes to link RNA and DNA alterations and explored genetic drivers, tumor signatures, and virus DNA found in cancers. Wyprodukowali 1188 transkryptomów nowotworowych, aby połączyć zmiany RNA i DNA, a także zbadali czynniki genetyczne, sygnatury nowotworów i DNA wirusa znalezione w nowotworach. These analyses generated more than 800 terabytes of data, roughly equivalent to the storage required for 200,000 movies. Analizy te wygenerowały ponad 800 terabajtów danych, co w przybliżeniu odpowiada ilości pamięci wymaganej dla 200 000 filmów.
PCAWG found cancer-driver mutations for 95% of cases, and that on average each cancer genome has four or five drivers. PCAWG wykryło mutacje rakotwórcze w 95% przypadków i że średnio w każdym genomie nowotworowym występują cztery lub pięć kierowców. Sizable minorities of cancers showed signs of chromoplexy (17.8%) or chromothripsis (22.3%), reflecting complex and chaotic rearrangement processes. Znaczne mniejszości nowotworów wykazywały oznaki chromopleksji (17,8%) lub chromothripsis (22,3%), odzwierciedlając złożone i chaotyczne procesy przegrupowania. The researchers found that genetic changes leading to cancer occur early on—sometimes decades in advance of diagnosis. Naukowcy odkryli, że zmiany genetyczne prowadzące do raka zachodzą wcześnie - czasem na kilkadziesiąt lat przed diagnozą.
The investigation also uncovered genetic drivers in noncoding DNA, like noncoding regions of the tumor-suppressor gene TP53 and of the telomerase gene TERT. Badanie ujawniło także czynniki genetyczne w niekodującym DNA, takie jak niekodujące regiony genu supresorowego nowotworu TP53 i genu telomerazy TERT. Another PCAWG team characterized mutational signatures using more than 84 million somatic mutations from 4,645 whole-genome and 19,184 exome sequences to describe 81 signatures including single- doublet- and clustered-base-substitutions as well as small insertion-and-deletion signatures, many not previously identified. Inny zespół PCAWG scharakteryzował sygnatury mutacji przy użyciu ponad 84 milionów mutacji somatycznych z 4645 sekwencji całego genomu i 19184 sekwencji egzomu, aby opisać 81 sygnatur, w tym podstawienia pojedynczych dubletów i klastrowanych zasad, a także małe sygnatury wstawiania i usuwania, wiele nie wcześniej zidentyfikowany. In a first, another team identified 16 structural variants involving large rearrangements. W pierwszym inny zespół zidentyfikował 16 wariantów strukturalnych obejmujących duże zmiany.
Analiza wirusów związanych z rakiem uwidoczniła występowanie wirusa Epsteina – Barra, wirusa zapalenia wątroby typu B i wirusa brodawczaka ludzkiego.
All the PCAWG papers, published in Nature and related journals, are open access at nature.com/collections/afdejfafdb. Wszystkie artykuły PCAWG, opublikowane w Nature i powiązane czasopisma, są dostępne na stronie nature.com/collections/afdejfafdb. The researchers' raw genome sequencing data and other resources also are available to researchers. Surowe dane sekwencjonowania genomu badaczy i inne zasoby są również dostępne dla naukowców.
OTRZYMYWANIE OPIOIDÓW UZDROWIENIE U DZIECI, MŁODZIEŻY
About one-quarter of opioid poisonings occur in children and adolescents, and poisoning incidents have become more severe in recent years, according to an abstract presented at the Society of Critical Care Medicine's annual congress. Około jedna czwarta zatruć opioidami występuje u dzieci i młodzieży, a przypadki zatruć stały się bardziej dotkliwe w ostatnich latach, zgodnie z abstraktem przedstawionym na dorocznym kongresie Society of Critical Care Medicine. The retrospective study of more than 750,000 opioid poisoning cases reported to the National Poison Data System from 2005 to 2018 found that 27.5% (207,543) of cases occurred in patients younger than age 19. W retrospektywnym badaniu ponad 750 000 przypadków zatrucia opioidami zgłoszonych do krajowego systemu danych o zatruciach w latach 2005-2018 stwierdzono, że 27,5% (207,543) przypadków miało miejsce u pacjentów w wieku poniżej 19 lat.
Trend analysis over three eras (2005–2009, 2010–2014, and 2015–2018) showed that the percentage of patients admitted to critical care units and deaths increased over time; Analiza trendów w trzech epokach (2005–2009, 2010–2014 i 2015–2018) wykazała, że ​​odsetek pacjentów przyjętych na oddziały opieki krytycznej i zgony wzrastały z czasem; 6.6%, 8.5%, and 9.6% and 0.18%, 0.20%, and 0.28%, respectively. Odpowiednio 6,6%, 8,5% oraz 9,6% i 0,18%, 0,20% i 0,28%. The probability of having a moderate or major effect also rose, by 0.55% and 0.11%, respectively. Wzrosło również prawdopodobieństwo wystąpienia efektu umiarkowanego lub dużego, odpowiednio o 0,55% i 0,11%.
Zatrucia opioidami z zamiarem popełnienia samobójstwa wzrosły w trzech okresach, z 13,9% do 21,2%.
W osobnym opublikowanym raporcie naukowcy stwierdzili, że zaobserwowali dwa maksymalne rozkłady wieku w przypadku zatruć opioidami, u dzieci od noworodków do 4 lat oraz u nastolatków w wieku od 15 do prawie 19 lat.
ZAKŁADY AWARYJNE PRZETESTOWANE NA PODSUMOWANY EMBOLIZM PŁUCNY
Zdaniem autorów komputerowa angiografia płucna tomografii komputerowej (CTPA) jest nadużywana w diagnostycznym badaniu zatorowości płucnej (PE), podkreślając „pilną potrzebę rozpowszechnienia i wdrożenia protokołów w celu zmniejszenia niskiej wydajności skanowania CTPA”, w tym badania D-dimerów, według autorów badania badającego praktyki służb ratunkowych (ED) obejmujące testy związane z PE (Circ Cardiovasc Qual Outcome 2020; 13: e005753).
The study, a cross-sectional analysis of electronic health record and billing data from 16 EDs in Indiana and 11 hospitals in the Dallas-Fort Worth area, identified ED patients who underwent any of the following, including D-dimer testing, CTPA, scintillation ventilation perfusion lung scanning, or pulmonary angiography. W badaniu, przekrojowej analizie elektronicznej dokumentacji medycznej i danych rozliczeniowych z 16 ED w Indianie i 11 szpitali w okolicy Dallas-Fort Worth, zidentyfikowano pacjentów z ED, którzy przeszli którykolwiek z poniższych, w tym test D-dimerów, CTPA, scyntylację wentylacja perfuzji płucnej lub angiografia płucna. Out of 1.83 million patient encounters, 5.3% had a diagnostic test for PE. Z 1,83 miliona spotkań pacjentów 5,3% miało test diagnostyczny na PE. Nearly 60% of all patients who had tests for PE underwent CTPA without D-dimer testing. Prawie 60% wszystkich pacjentów, którzy mieli testy na PE, przeszło CTPA bez testu D-dimeru. About 21% of CTPA took place in women younger than age 45, who are at greater risk of cancer from CTPA radiation exposure, according to the authors. Według autorów około 21% CTPA miało miejsce u kobiet w wieku poniżej 45 lat, które są bardziej narażone na raka w wyniku ekspozycji na promieniowanie CTPA.
Łączna wydajność diagnostyczna CTPA dla PE wyniosła 3,1%, przy 1,3% w Indiana EDs i 4,8% w zakładach w Dallas-Fort Worth.
Pacjenci w Indianie byli mniej skłonni niż pacjenci w Dallas-Fort Worth do poddania się testom D-dimerów przed CTPA (odpowiednio 30% w porównaniu z 52%), prawdopodobnie odzwierciedlając wpływ ukierunkowanej inicjatywy poprawy jakości, która miała miejsce w Dallas-Fort Worth w celu zwiększenia wykorzystania testów D-dimerów u pacjentów niskiego ryzyka.
The data imply that “D-dimer ordering correlates with an increased yield rate of PE on CTPA,” wrote the investigators. Dane sugerują, że „porządkowanie D-dimerów koreluje ze zwiększoną wydajnością PE na CTPA”, napisali badacze. “This relationship suggests but does not prove a positive cause-effect relationship between rate of D-dimer ordering and PE yield.” „Ten związek sugeruje, ale nie dowodzi pozytywnego związku przyczynowo-skutkowego między szybkością uporządkowania D-dimerów a wydajnością PE.”